Über den ursprünglichen Hochaltar der Barfüßerkirche ist nichts bekannt. Das heute im Chor stehende Retabel ist erst nach der Einführung der Reformation aus der aufgegebenen Bartholomäuskirche überführt worden. Wahrscheinlich handelt es sich dabei um den Altar, der 1596 im Schiff der Kirche aufgestellt wurde. Offenbar hat man ihn aber in den folgenden zwei Jahrhunderten zumindest teilweise wieder abgebaut; seine Flügel sind erst 1829 unter der Orgelempore wiederentdeckt worden.

Ein barocker Altar ist in den Jahren 1682 bis 1684 entstanden. Von ihm wissen wir lediglich, daß die Predella mit einem Gemälde des Abendmahles versehen war. Über den Verbleib des barocken Altars und seiner Predella ist nichts bekannt.

1829 sind der Schrein und die Flügel des großen Doppelwandelaltars neu zusammengestellt und mit einem Gesprenge aus Holz und Pappmaché zu einer hochaufstrebenden neogotischen Altarwand vereinigt worden. Die Ausführung dieser Umgestaltung oblag dem Niederländer Stanislaus de Pereira, der zuvor im Erfurter Dom als Restaurator tätig war, und dem von der Gemeinde als Entlohnung die Übergabe der Reste der Chorverglasung angeboten worden war (siehe Kapitel Glasmalerei). Offenbar im Auftrag von Pereira schuf der Erfurter Buchbinder und Modelleur Carl Schropp einen vielteiligen Altaraufbau, in dem Schrein und Flügel des Altars aus der Bartholomäuskirche integriert waren.

Das Gesprenge des 19. Jahrhunderts ging im Zuge von Kunstgutevakuierung und Zerstörung im Zweiten Weltkrieg verloren. Nach dem Krieg wurde der Altar von den kirchlichen Werkstätten in Erfurt in seiner ursprünglichen Form als Doppelflügelaltar wiederhergestellt.

Im Zentrum des Mittelschreins ist eine zweifigurige Marienkrönung zu sehen, ihr zu Seiten vier Szenen aus dem Leben Jesu: Geburt, Darstellung im Tempel, Auferstehung und Ausgießung des Heiligen Geistes. Auf den Flügelinnenseiten waren jeweils acht stehende Heilige in zwei Reihen übereinander aufgestellt.  
In der ersten Wandlung des vierflügligen Altares (also bei geschlossenen Innenflügeln und geöffneten Außenflügeln) sind je sechs männliche und sechs weibliche Heilige unter Baldachinen zu sehen. Die Außenseiten der Außenflügel zeigten vier gemalte Szenen unter Architektur, die leider nur sehr fragmentarisch erhalten sind.
Anhand von Rechnungen im Stadtarchiv Erfurt ist nachweisbar, daß der große Altar zwischen Frühjahr 1445 und August 1446 entstanden ist. Die Schnitzereien haben Hans  von Schmalkalden und ein Meister Jakob in Leipzig ausgeführt, die Malereien stammen von Michael Wiespach, seinem Gesellen Henning und einem unbekannten Maler aus Göttingen, die Vergoldungen von Meister Jakob (wohl dem Schnitzer), die Punzierungen führte ein Meister Matthias aus. Obwohl uns die Namen der Handwerker durch die Rechnungen bekannt sind, können wir kein anderes Kunstwerk mit ihrem Schaffen verbinden.