Die um 1250 entstandenen Glasmalereien der Barfüßerkirche sind Zeugnis der herausragenden Stellung, die das Kloster im 13. und 14. Jahrhundert als einer der Hauptorte der franziskanischen Bewegung in Deutschland innehatte.
In der Barfüßerkirche gab es ursprünglich mehrere Altäre. Neben dem Hochaltar im Chor und dem Kreuz- oder Leutaltar vor dem Lettner sind in den Seitenschiffen und den Kapellen zahlreiche Altäre anzunehmen. Inwieweit sie mit Altarretabeln ausgestattet waren, ist heute nicht mehr nachweisbar.
Infolge der Zerstörung des Langhauses im Zweiten Weltkrieg sind zahlreiche Kunstwerke zerstört worden. Trotzdem sind eindrucksvolle Skulpturen und Reliefs erhalten geblieben.
